Wenige Jahre nach dem Zweiten Weltkrieg kehrte christliches Leben in die zerstörte Kirche zurück. Im Stumpf des Kirchturmes wurde die Heilig-Kreuz-Kapelle gebaut. Mit dem neuen Namen Heilig-Kreuz-Gemeinde sollte gezielt auf das Kreuz als „Versöhnungszeichen für alle Völker“ gewiesen werden. Die Kapelle war Ort regelmäßiger Andachten und Gottesdienste, Taufen und Trauungen.
Dieser Abendmahlskelch hatte mit anderen sakralen Gegenständen den Brand der Garnisonkirche wahrscheinlich im Tresor weitgehend unbeschadet überstanden. Mit ihm wurde am Reformationstag 1817 in der Garnisonkirche das erste gemeinsame Abendmahl von lutherischen und reformierten Christen gefeiert. Eine Woche zuvor hatte Friedrich Wilhelm III. den Zusammenschluss beider Konfessionen zur „unierten“ Kirche in Preußen verordnet. Die bis dahin praktizierten Abgrenzungen zwischen evangelisch-reformierten und evangelisch-lutherischen betrachtete der König als unzeitgemäß und setzte damit ein Zeichen der Aussöhnung.
In seinem Bericht an die Kirchenleitung zeichnete Pfarrer Gerhard Schröder ein differenziertes Bild der im Verhältnis zu anderen Potsdamer Kirchen doch recht kleinen Zivilgemeinde. Der Wiederaufbau des zerstörten Kirchengebäudes sei aufgrund fehlender Mittel und Ressourcen „zur Zeit nicht im Bereich des Möglichen.“ Dessen ungeachtet stelle „die Zivilgemeinde einen kleinen kirchlichen Organismus dar, der […] für die Gemeindemitglieder eine wirkliche kirchliche Bedeutung hat.“ Ihre Zukunft sei aber offen, auch die Vereinigung mit einer anderen Potsdamer Gemeinde noch möglich.
Anders als andere Kirchen war die Garnisonkirche als Immediatkirche direkt dem Landesherren unterstellt. Mit der Abschaffung des staatlichen Kirchenpatronats gingen alle in Staatsbesitz befindlichen Gebäude, die eindeutig kirchlichen Zwecken dienten, in Eigentum der Kirche über. Die Zivilgemeinde der Garnisonkirche wurde 1947 Eigentümer des Kirchengebäudes. Das evangelische Konsistorium beschloss ein Jahr später, die Zivilkirchengemeinde dem soeben von der Brandenburger Landesregierung genehmigten Parochialverband der Potsdamer Kirchen anzuschließen. Damit wurde die kleine Gemeinde in die Potsdamer Gemeindestruktur eingebunden.
Die Einweihung der Heilig-Kreuz-Kapelle im Erdgeschoss des Turmstumpfes im Juni 1950 markierte einen weiteren Schritt in Richtung Neuanfang des Gemeindelebens. Bereits im Sommer 1949 war die Umbenennung der Garnisonkirche in Heilig-Kreuz-Kirche und der Zivilgemeinde in Heilig-Kreuz-Gemeinde erfolgt. Der Gemeindekirchenrat hatte allerdings die Bezeichnung „Versöhnungsgemeinde“ favorisiert, konnte sich damit aber gegenüber der Kirchenleitung nicht behaupten. Bekannt war die kleine Gemeinde für die regelmäßigen „Wochenschlussandachten“, die jeden Samstagabend den Kapellenraum füllte.
Der Evangelische Nachrichtendienst Ost (ENO) erklärte in seinem Bericht von der Einweihungsfeier der Heilig-Kreuz-Kapelle, diese wolle „keine Tradition konservieren“. Aufgabe der Kapelle sei es, auf das Kreuz hinzuweisen als das „Versöhnungszeichen für alle Völker“. Die Räumlichkeiten konnten die große Anzahl der Gäste nicht fassen, so dass der Eröffnungsgottesdienst mittels Lautsprecher in die Ruine des Kirchenschiffs übertragen wurde.
Der zerstörte Barock-Turm prägte als charakterliche Dominante auch nach dem Zweiten Weltkrieg das Stadtbild Potsdams. Bis 1949 gab es keine zentralen Vorgaben für den städtischen Wiederaufbau. Wie in allen Städten drängte auch in Potsdam vor allem die Schaffung von Wohnraum für die Bevölkerung. Ein Abriss der Heilig-Kreuz-Kirche stand bis in die 1950er Jahre hinein nicht zur Debatte. Im Gegenteil, die Einweihung der Heilig-Kreuz-Kapelle im Sommer 1950 und die zwei kleinen, vom ersten Turmgeschoss läutenden Glocken zeugten vom gottesdienstlichen Leben. Der Potsdamer Baustadtrat begrüßte die Schaffung von Räumlichkeiten für kulturelle und kirchliche Veranstaltungen.
Zeitzeugenbericht von Elfriede SchönrockElfriede Schönrock kam nach dem Zweiten Weltkrieg nach Potsdam. Sie war lange Zeit als Pfarrsekretärin in der Heilig-Kreuz-Gemeinde tätig. Hier erinnert sie sich an die Heilig-Kreuz-Kapelle als Ort des Glaubens und an das Leben als Christ in den 1950er Jahren.
Christine Gottwald, von 1950 bis 1957 als Gemeindeschwester in der Heilig-Kreuz-Gemeinde tätig, hielt viele Facetten des Gemeindelebens in ihren Erinnerungen fest. Ihr mit zahlreichen Fotos versehener Bericht gibt Einblicke in die täglichen Herausforderungen der kleinen Gemeinde in den Nachkriegsjahren.
Die Fotografin Monika Schulz-Fieguth erinnert sich an ihre Kindheit in den 1950er Jahren in der Heilig-Kreuz-Gemeinde und die Fassungslosigkeit, mit der sie die Sprengung der Kirche 1968 erlebte.
Zwischen 1945 und 1950 fanden etwa 50 Taufen und 10 Trauungen in der Heilig-Kreuz-Gemeinde statt. Ab Mitte der 1950er Jahre nahm die Zahl von Taufen und Trauungen kontinuierlich ab. Wurden zwischen 1950 und 1955 jährlich noch etwa 25 Kinder getauft, sank die Zahl bis 1965 auf maximal zehn pro Jahr. Dieser auch bei den Trauungen festzustellende Rückgang kann als Auswirkung der kirchenfeindlichen Politik des SED-Regimes auf das gemeindliche Leben bewertet werden.