Mit dem als Verteidigungshandlung verklärten Überfall der Wehrmacht auf Polen begann der Zweite Weltkrieg. Auch die in Potsdam stationierten Truppen wurden an die Front verlegt, und mit ihnen die Militärpfarrer Damrath, Doehring und Heidland. Die abrückenden Regimenter wurden in einem Sonntagsgottesdienst am 3. September 1939 traditionell gesegnet. Die kirchenamtlichen Aufgaben an der Garnisonkirche übernahmen nun meist Pfarrer im Nebenamt oder auch Pfarrer der anderen Kirchengemeinden. Zurück blieben die Ersatzbataillone und Ausbildungseinheiten. Nach dem schnellen Einmarsch der Wehrmacht in Polen befahl Hitler, dass reichsweit sieben Tage hintereinander mittags für eine Stunde die Kirchenglocken zu erklingen haben. Wie in vielen anderen Kirchen auch läutete das neue schwingende Geläut der Garnisonkirche als Zeichen des Dankes für den Sieg und zum Gedenken an die deutschen Gefallenen.
NS-Kriegspropaganda: „Heute früh Gegenangriff unserer Wehrmacht.“ (01.09.1939)
Potsdamer Tageszeitung, 1. September 1939
01.09.1939